2012年6月11日,南京市委决定,成立南京地铁集团有限公司党委。目前,南京地铁集团有限公司党委下设南京地铁建设有限责任公司党委、南京地铁运营有限责任公司党委、南京地铁资源开发有限责任公司党委、南京地铁集团有限公司机关党总支、南京地铁土地储备分中心党支部及南京地铁交通设施保护办公室党支部等六个直属党组织,截至2012年底共有党员1384名。南京地铁集团有限公司党委成立以来,坚持以马列主义、毛泽东思想、邓小平理论、“三个代表”重要思想和科学发展观为指导,遵循“围绕中心抓党建,抓好党建促发展”的工作方针,全面加强党的思想、组织和作风建设,充分发挥党组织的战斗堡垒作用和党员的先锋模范作用,服务地铁中心工作,确保圆满完成地铁各项任务。